Мужской монастырь Новомучеников Российских основан на месте, где в ночь на 18 июля 1918 года были живыми сброшены в шахту Великая Княгиня Елизавета Феодоровна Романова, инокиня Варвара, Великий Князь Сергий Михайлович, князья Императорской крови: Иоанн, Константин и Игорь Константиновичи, Князь Владимир Палей, р. Б. Феодор Ремез.
В конце 80-х годов XX века вновь после 1918 г. было установлено местонахождение Шахты, где приняли мученическую кончину св. прпмцц. Елисавета и инокиня Варвара, члены семьи Дома Романовых. На святом месте в 1991 г. был установлен Поклонный крест.
В год прославления святых мучениц Елисаветы и Варвары в России, в 1992 г. рядом с шахтой построена часовня во имя святой преподобномученицы Елисаветы, в ней 18 июля 1992 г. была отслужена первая Божественная Литургия под предстоятельством архиепископа Мелхиседека Свердловского и Курганского, в те годы возглавлявшего епархию.
22 февраля 1995 года Священный Синод принял решение об установлении мужского монастыря в честь Новомучеников Российских. Строителем монастыря был назначен тогда еще иеромонах, а затем игумен Моисей (Пилатс).
Игумен Моисей ходатайствовал перед районными властями о выделении земельного участка для монастырских угодий. Было выделено 32 гектара земель, поселились первые монахи, послушники и трудники, стали возделываться земли. 6 июля 1996 года был официально заложен первый камень под строительство монастырского храма. Освящение закладки фундамента было совершено при участии епископа Екатеринбургского и Верхотурского Никона.
Первая Божественная Литургия в еще недостроенном храме была совершена 6 июля 1998 г., а 4 ноября 2000 г., в день празднования Казанской иконы Божией Матери служили первую Литургию в отстроенном храме.
18 июля 2001 г. храм был освящен в память всех Новомучеников Российских Высокопреосвященнейшим Викентием, Архиепископом Екатеринбургским и Верхотурским.
Сегодня монастырский комплекс включает в себя: Памятный Крест над шахтой, где произошло злодеяние, 4-этажное кирпичное здание (с храмом, алтарь которого освящен во имя Новомучеников Российских и совмещенный с ним Братский корпус), Храм в честь иконы Божией Матери «Феодоровская», Часовню во имя св. прпмц. Вел. Кн. Елисаветы, Колокольню, а также входные врата (двое) и хозяйственные постройки.
Монастырь проводит миссионерскую деятельность в г. Алапаевске и прилегающем к нему районе. Во многих деревнях и поселках возрождены и вновь созданы приходы. Братия монастыря осуществляют хозяйственную деятельность, обеспечивая продуктами себя и, по возможности, помогая малоуимущим людям.
В монастырском храме пребывают привезенные из Иерусалима частицы нетленных мощей святых преподобномучениц Великой княгини Елисаветы Феодоровны и инокини Варвары.
23 сентября 2000 года монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, обращаясь к собравшимся он сказал: «Слава Богу, что мы дожили до того времени, когда к нам возвращается историческая память, когда это место уже не забыто, когда сюда приходят люди и вспоминают о мученической кончине тех, кто страдал здесь. Мы должны подражать жизни святых угодников Божиих — преподобномучениц Елисаветы и Варвары, которые в жизни своей проявляли милосердие и любовь к ближним».
16 апреля 2010 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил монастырь святых Новомучеников и исповедников Российских.
В своём слове Святейший Патриарх сказал: «Перед нами действительно особое место. Когда смотришь на эту поросшую травой и засыпанную землей шахту, где были зверски умерщвлены святая преподобномученица Великая княгиня Елисавета, инокиня Варвара с их спутниками, то начинаешь понимать простую истину, которая была сформулирована в Евангелии и запечатлена в народной житейской мудрости: «Нет ничего тайного, что не стало бы явным» (см. Мк. 4:22). Когда здесь сбрасывали в шахту ни в чем не повинных людей, когда на голову этих несчастных сыпались камни, когда в этой глубине и во мраке они умирали от голода и от жажды, то, наверное, те, кто стоял наверху и глумился, думали, что никто и никогда не узнает об этом преступлении.
Но мы все знаем, что произошло. Мы окружаем с любовью это святое место. Мы здесь черпаем силы для нашей жизни. Мы здесь многому научаемся и многое начинаем понимать глубоко и правильно. Во-первых, мы начинаем понимать, что жизнь без Бога — это страшная жизнь. Человек, который теряет веру в Бога, становится страшным существом. Конечно, многие люди неверующие, живя по голосу совести, сохраняют нравственное начало, и так оно и должно быть, потому что Бог это нравственное начало заложил в человеческую природу. Но отсутствие веры очень часто подвергает это внутреннее нравственное начало разложению, и там, где был человек, вдруг вырастает зверь, который не щадит ничего во имя достижения своих целей, будь то цели идеологические, во имя которых были умерщвлены святые новомученики, или экономические, или политические. Человеческое общество перестает быть обществом людей.
Мы прошли через все эти кошмары жизни без Бога, и сейчас наш народ, отталкиваясь от того страшного опыта, пытается по-новому устроить свою жизнь. И потому возводятся храмы по всему лицу земли нашей. Не по приказу сверху, не по чьей-то команде — храмы возводятся в ответ на веру людей. Мы хотим стать иными, мы хотим, чтобы страна наша, народ наш жили свободно, мирно, чтобы была справедливость в общественных отношениях, а потому и обращаемся с молитвой к Богу. Мы хотим, чтобы в душе нашей были мир и радость, чтобы счастливыми были наши дети и внуки, чтобы младшие уважали старших, чтобы старшие имели разумение правильно строить свои отношения с младшими. Мы хотим быть народом, в котором бы в полной мере действовал Дух Христов.
Верю, что по молитвам новомучеников и исповедников Российских это совершится — только нам с вами нужно крепко держаться веры православной, воспитывать в ней своих детей и внуков, молиться усерднее, воздерживаться от злых слов, от осуждения, от злых поступков, помогать друг другу, чувствовать плечо друг друга, возрастать во взаимном уважении и поддержке. Я говорю все это здесь, у страшного и одновременно священного места гибели святой великомученицы Великой княгини Елисаветы Феодоровны со спутниками, потому что пример ее жизни и пример ее смерти помогают многое понять, многое почувствовать и увидеть, где правда Божия, а где диавольская ложь.
Я от всего сердца желаю вам, мои дорогие, помощи Божией, благословения свыше, чтобы по молитвам новомучеников и исповедников Российских к лучшему менялась наша общественная, семейная, личная жизнь и чтобы Божественная благодать касалась наших сердец».
15 июля 2018 года Святейший Патриарх Кирилл совершил чин великого освящения храма в честь Феодоровской иконы Божией Матери на территории монастыря и возглавил служение Божественной литургии в новоосвященном храме. Возведение храма происходило с 2008 года на протяжении 10 лет и завершается в год 100-летия мученического подвига преподобномучениц Елисаветы и Варвары. За алтарной частью храма находится шахта, где приняли мученическую кончину преподобномученица Елисавета, инокиня Варвара и алапаевские мученики.
В своём слове Святейший Патриарх отметил:
«Трудно представить, глядя на это место, на эту уже практически полностью засыпанную шахту, тот страх и ужас, охватившие ни в чем не повинных людей, которых привели к этому обрыву, чтобы сбросить вниз. И рука не остановилась! А ведь перед палачами были не преступники, а люди, которые не нарушили ни одного закона, которые не представляли никакой угрозы, потому что отказались от всякой политической борьбы, от всяких претензий на власть. Единственная причина, почему Елисавета Феодоровна осталась в России, а не уехала за рубеж, где бы жила благополучно вместе с родственниками, — это то, что она не могла оставить страну, которая стала для нее второй Родиной, Церковь, которой она служила верой и правдой, учредив Марфо-Мариинскую обитель и научив очень многих русских людей соединять свою православную веру с реальным доброделанием. Покинуть Россию было выше ее сил, и в этом не было никакой политики — только сильное религиозное чувство и любовь к стране, ставшей для нее действительно второй Родиной».